MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Yersinia pestis D106004 plasmid pPCY1

Total Repeats: 192

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017156	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017156	GCC	2	6	215	220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124300
3	NC_017156	CGC	2	6	229	234	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384124300
4	NC_017156	CTG	2	6	238	243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124300
5	NC_017156	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	384124300
6	NC_017156	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	384124300
7	NC_017156	TC	4	8	393	400	0 %	50 %	0 %	50 %	384124300
8	NC_017156	CAGGAG	2	12	408	419	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384124300
9	NC_017156	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	384124300
10	NC_017156	GAC	2	6	448	453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124300
11	NC_017156	CTT	2	6	605	610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124300
12	NC_017156	TGG	2	6	611	616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124300
13	NC_017156	CG	3	6	622	627	0 %	0 %	50 %	50 %	384124300
14	NC_017156	TC	3	6	736	741	0 %	50 %	0 %	50 %	384124300
15	NC_017156	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	384124300
16	NC_017156	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	384124300
17	NC_017156	AGC	2	6	970	975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124300
18	NC_017156	A	6	6	1002	1007	100 %	0 %	0 %	0 %	384124300
19	NC_017156	TGA	2	6	1025	1030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124300
20	NC_017156	CAT	2	6	1062	1067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124300
21	NC_017156	TGA	2	6	1107	1112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124300
22	NC_017156	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	384124301
23	NC_017156	GAA	2	6	1253	1258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124301
24	NC_017156	TCA	2	6	1270	1275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124301
25	NC_017156	CGG	2	6	1314	1319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384124301
26	NC_017156	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	384124301
27	NC_017156	CAG	3	9	1518	1526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
28	NC_017156	ACG	2	6	1574	1579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
29	NC_017156	C	6	6	1599	1604	0 %	0 %	0 %	100 %	384124301
30	NC_017156	TCA	2	6	1611	1616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124301
31	NC_017156	TGA	2	6	1618	1623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124301
32	NC_017156	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	384124301
33	NC_017156	GAA	2	6	1649	1654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124301
34	NC_017156	TTC	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124301
35	NC_017156	GCA	2	6	1760	1765	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124301
36	NC_017156	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	384124301
37	NC_017156	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	384124301
38	NC_017156	TGG	2	6	1913	1918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017156	CGT	2	6	1944	1949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017156	TGA	2	6	1958	1963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017156	T	6	6	2015	2020	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017156	CAG	2	6	2096	2101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017156	ACA	2	6	2116	2121	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017156	A	6	6	2132	2137	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017156	AC	3	6	2211	2216	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_017156	GAT	2	6	2241	2246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017156	T	6	6	2373	2378	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017156	GTT	2	6	2381	2386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017156	T	6	6	2385	2390	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017156	GTC	2	6	2399	2404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017156	GACGG	2	10	2503	2512	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017156	A	6	6	2526	2531	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017156	TGT	2	6	2536	2541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017156	TCAG	2	8	2544	2551	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017156	ACAG	2	8	2559	2566	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_017156	T	7	7	2652	2658	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017156	T	6	6	2705	2710	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017156	TAC	2	6	2721	2726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017156	A	7	7	2746	2752	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017156	AAT	2	6	2799	2804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017156	AACA	2	8	2928	2935	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017156	ACA	3	9	2933	2941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017156	CGA	2	6	3017	3022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017156	GGC	2	6	3026	3031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017156	TG	3	6	3034	3039	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017156	GAA	2	6	3060	3065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017156	GCG	2	6	3408	3413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017156	CTCA	2	8	3425	3432	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017156	CA	3	6	3453	3458	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017156	A	6	6	3492	3497	100 %	0 %	0 %	0 %	384124302
71	NC_017156	C	6	6	3548	3553	0 %	0 %	0 %	100 %	384124302
72	NC_017156	C	6	6	3629	3634	0 %	0 %	0 %	100 %	384124302
73	NC_017156	TG	3	6	3782	3787	0 %	50 %	50 %	0 %	384124302
74	NC_017156	C	6	6	3794	3799	0 %	0 %	0 %	100 %	384124302
75	NC_017156	GCA	2	6	3878	3883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017156	TTGAAG	2	12	3925	3936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017156	T	6	6	4061	4066	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017156	GCA	2	6	4076	4081	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017156	A	7	7	4094	4100	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017156	AAG	2	6	4108	4113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017156	CAG	2	6	4155	4160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017156	ATG	2	6	4167	4172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017156	TGC	2	6	4188	4193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017156	TGTA	2	8	4218	4225	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017156	T	8	8	4264	4271	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017156	ATT	2	6	4309	4314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017156	ATTT	2	8	4322	4329	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017156	ATC	2	6	4393	4398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124303
89	NC_017156	A	7	7	4413	4419	100 %	0 %	0 %	0 %	384124303
90	NC_017156	A	6	6	4550	4555	100 %	0 %	0 %	0 %	384124303
91	NC_017156	GAT	2	6	4588	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124303
92	NC_017156	AG	3	6	4617	4622	50 %	0 %	50 %	0 %	384124303
93	NC_017156	CTGT	2	8	4632	4639	0 %	50 %	25 %	25 %	384124303
94	NC_017156	TC	3	6	4650	4655	0 %	50 %	0 %	50 %	384124303
95	NC_017156	TAA	2	6	4656	4661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124303
96	NC_017156	A	7	7	4699	4705	100 %	0 %	0 %	0 %	384124303
97	NC_017156	TAG	2	6	4725	4730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124303
98	NC_017156	GAAA	2	8	4732	4739	75 %	0 %	25 %	0 %	384124303
99	NC_017156	TAT	2	6	4770	4775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124303
100	NC_017156	ATT	2	6	4795	4800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124303
101	NC_017156	CAA	2	6	4890	4895	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124304
102	NC_017156	TAT	2	6	4896	4901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124304
103	NC_017156	CCT	2	6	5172	5177	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384124304
104	NC_017156	ATA	2	6	5191	5196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124304
105	NC_017156	CTA	2	6	5315	5320	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124304
106	NC_017156	CAA	2	6	5388	5393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384124304
107	NC_017156	ACG	2	6	5404	5409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124304
108	NC_017156	TTA	2	6	5483	5488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124304
109	NC_017156	TCTT	2	8	5507	5514	0 %	75 %	0 %	25 %	384124304
110	NC_017156	ACC	2	6	5854	5859	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384124304
111	NC_017156	A	8	8	5911	5918	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017156	A	8	8	5928	5935	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017156	TAA	2	6	5969	5974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017156	CGC	2	6	5980	5985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_017156	AAT	2	6	6001	6006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017156	GGAAG	2	10	6051	6060	40 %	0 %	60 %	0 %	384124305
117	NC_017156	GCA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124305
118	NC_017156	A	7	7	6096	6102	100 %	0 %	0 %	0 %	384124305
119	NC_017156	CAAAA	2	10	6123	6132	80 %	0 %	0 %	20 %	384124305
120	NC_017156	CTG	2	6	6169	6174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124305
121	NC_017156	GAA	2	6	6199	6204	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124305
122	NC_017156	AC	3	6	6239	6244	50 %	0 %	0 %	50 %	384124305
123	NC_017156	A	7	7	6366	6372	100 %	0 %	0 %	0 %	384124305
124	NC_017156	GAC	2	6	6548	6553	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017156	ATT	2	6	6570	6575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017156	ATT	2	6	6591	6596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017156	ATA	2	6	6625	6630	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017156	AG	3	6	6646	6651	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017156	GAA	2	6	6668	6673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124306
130	NC_017156	GCA	2	6	6723	6728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124306
131	NC_017156	AT	3	6	6748	6753	50 %	50 %	0 %	0 %	384124306
132	NC_017156	GAA	2	6	6835	6840	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384124306
133	NC_017156	AT	3	6	6892	6897	50 %	50 %	0 %	0 %	384124306
134	NC_017156	ATGA	2	8	6987	6994	50 %	25 %	25 %	0 %	384124306
135	NC_017156	AATC	2	8	6996	7003	50 %	25 %	0 %	25 %	384124306
136	NC_017156	CTCAT	2	10	7019	7028	20 %	40 %	0 %	40 %	384124306
137	NC_017156	CAG	2	6	7117	7122	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124306
138	NC_017156	GGT	2	6	7158	7163	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384124306
139	NC_017156	TAA	2	6	7175	7180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384124306
140	NC_017156	AT	3	6	7250	7255	50 %	50 %	0 %	0 %	384124306
141	NC_017156	ATT	2	6	7301	7306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124306
142	NC_017156	ATG	2	6	7339	7344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124306
143	NC_017156	GA	3	6	7355	7360	50 %	0 %	50 %	0 %	384124306
144	NC_017156	TTA	2	6	7394	7399	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384124306
145	NC_017156	TACA	2	8	7460	7467	50 %	25 %	0 %	25 %	384124306
146	NC_017156	ATG	2	6	7474	7479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384124306
147	NC_017156	AGG	2	6	7487	7492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384124306
148	NC_017156	TGC	2	6	7544	7549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124306
149	NC_017156	CGG	2	6	7579	7584	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384124306
150	NC_017156	TC	3	6	7620	7625	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_017156	TCC	2	6	7632	7637	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
152	NC_017156	GGA	2	6	7646	7651	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017156	AGG	2	6	7663	7668	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017156	TG	3	6	7692	7697	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017156	TGT	2	6	7738	7743	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017156	TCCT	2	8	7811	7818	0 %	50 %	0 %	50 %	384124307
157	NC_017156	GCT	2	6	7904	7909	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124307
158	NC_017156	CTG	2	6	7922	7927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124307
159	NC_017156	TTC	2	6	7977	7982	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124307
160	NC_017156	CAT	2	6	7986	7991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124307
161	NC_017156	ATC	2	6	8011	8016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384124307
162	NC_017156	GT	3	6	8104	8109	0 %	50 %	50 %	0 %	384124308
163	NC_017156	CGA	2	6	8205	8210	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384124308
164	NC_017156	TCT	2	6	8382	8387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384124308
165	NC_017156	GTC	2	6	8402	8407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384124308
166	NC_017156	CAC	2	6	8537	8542	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
167	NC_017156	ACAG	2	8	8570	8577	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
168	NC_017156	CAA	2	6	8588	8593	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_017156	CCG	2	6	8607	8612	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
170	NC_017156	ACGA	2	8	8667	8674	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
171	NC_017156	TGCC	2	8	8677	8684	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
172	NC_017156	T	6	6	8705	8710	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017156	TGG	2	6	8718	8723	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017156	CAA	2	6	8802	8807	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_017156	TCAGAC	2	12	8850	8861	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
176	NC_017156	CAG	2	6	8867	8872	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_017156	CTGT	2	8	8950	8957	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
178	NC_017156	CAA	2	6	9022	9027	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_017156	TGC	2	6	9073	9078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_017156	A	8	8	9079	9086	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_017156	AAT	2	6	9190	9195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017156	ACAA	2	8	9207	9214	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
183	NC_017156	T	6	6	9221	9226	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_017156	T	7	7	9234	9240	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_017156	TAAT	2	8	9264	9271	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_017156	T	7	7	9356	9362	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_017156	CCT	2	6	9377	9382	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
188	NC_017156	CCA	2	6	9407	9412	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
189	NC_017156	A	6	6	9416	9421	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_017156	AGG	2	6	9431	9436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
191	NC_017156	A	6	6	9541	9546	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017156	ATA	2	6	9572	9577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.